Ο Σέρχιο Μαρκαριάν γεννήθηκε την 1η Νοεμβρίου του 1944 στο Μοντεβιδέο της Ουρουγουάης. Η ενασχόλησή του με την προπονητική ξεκίνησε με αφορμή την ήττα της εθνικής ομάδας της χώρας του από την Ολλανδία στο Παγκόσμιο Κύπελλο του 1974 όταν και αποφάσισε να εγκαταλείψει την εταιρεία καυσίμων στην οποία εργαζόταν.
Γνωστός ως ο “μάγος” (“EL MAGO”)
Λάτρης της τακτικής αναγνωρίζεται πλέον ως ένας σπουδαίος στον τομέα αυτό προπονητής, ενώ είναι γνωστός ως ο “μάγος” (“EL MAGO” στα ισπανικά). Παρά το γεγονός ότι το έναυσμα της ενασχόλησής του με την προπονητική υπήρξε η εθνική ομάδα της Ουρουγουάης δεν έχει βρεθεί ποτέ στον πάγκο της.
Πρωταθλητής σε Παραγουάη και Περού
Ο Σέρχιο Μαρκαριάν ξεκίνησε την καριέρα του το 1974 στις ακαδημίες της Ατλέτικο Μπέλα Βίστα από την Ουρουγουάη και στη συνέχεια προωθήθηκε ως πρώτος προπονητής του συλλόγου. Ευρύτερα γνωστός έγινε το 1983 όταν ανέλαβε την Κλουμπ Ολίμπια από την Παραγουάη, στην οποία παρέμεινε επί μία τετραετία και κατέκτησε το πρωτάθλημα δύο φορές (1983, 1985). Ακολούθησε η Σολ Ντε Αμέρικα επίσης από την Παραγουάη με την οποία κατέκτησε το κύπελλο το 1988. Επόμενος σταθμός του μια ακόμη ιστορική ομάδα της Παραγουάης, η Σέρο Πορτένιο, με την οποία πανηγύρισε ένα ακόμη κύπελλο, το 1990. Ακολούθησε η ολυμπιακή εθνική ομάδα της Παραγουάης το 1992, με την οποία το καλοκαίρι της ίδιας χρονιάς συμμετείχε στους Ολυμπιακούς Αγώνες στη Βαρκελώνη. Από το 1993 έως το 1997, βρέθηκε στο Περού κατακτώντας από ένα πρωτάθλημα με τις Ουνιβερσιτάριο ντε Ντεπόρτες και Σπόρτινγκ Κριστάλ.
Ο ερχομός στην Ελλάδα
Το 1998 ήρθε για πρώτη φορά στην Ελλάδα για λογαριασμό του Ιωνικού Νίκαιας, τερματίζοντας στην πέμπτη θέση του ελληνικού πρωταθλήματος της περιόδου 1998-99, εξασφαλίζοντας, παράλληλα, για πρώτη φορά στην ιστορία του συλλόγου την έξοδο στις ευρωπαϊκές διοργανώσεις.
Πρόκριση με την Παραγουάη στο Παγκόσμιο Κύπελλο 2002
Το διάστημα μεταξύ 1999-2001 βρέθηκε στην τεχνική ηγεσία της Παραγουάης, εξασφαλίζοντας την πρόκριση για το Παγκόσμιο Κύπελλο 2002, στο οποίο, όμως, δεν βρέθηκε καθώς στην τελική φάση της διοργάνωσης αντικαταστάθηκε από τον Ιταλό Τσέζαρε Μαλντίνι.
Η επιστροφή στην Ελλάδα
Ο Σέρχιο Μαρκαριάν το 2002 επέστρεψε στην Ελλάδα αναλαμβάνοντας τον Παναθηναϊκό, τον οποίο οδήγησε μέχρι την προημιτελική φάση του UEFA Champions League της περιόδου 2001-02 και στα προημιτελικά του Κυπέλλου UEFA της επόμενης χρονιάς.
Το 2005 ο Ηρακλής Θεσσαλονίκης αποτέλεσε τον τρίτο σταθμό της καριέρας του στο ελληνικό πρωτάθλημα, ενώ την περίοδο 2005-07 βρέθηκε ξανά στην Παραγουάη για λογαριασμό της Κλουμπ Λιμπερτάδ, κατακτώντας δύο πρωταθλήματα (2006, 2007).
Στην εθνική Περού
Μετά την Παραγουάη ο Σέρχιο Μαρκαριάν εργάστηκε στις Κρουζ Αζούλ από το Μεξικό (2007-08) και Κλαμπ Ουνιβερσιδάδ Ντε Τσίλε (2009), κατακτώντας το κύπελλο Χιλής, τον πρώτο τίτλο έπειτα από μια πενταετία για τον σύλλογο και στην Ντανούμπιο από την Ουρουγουάη (2010). Τον Ιούλιο του 2010 ανέλαβε την εθνική ομάδα του Περού, θέση από την οποία αποχώρησε το 2013.
Σύντομο πέρασμα από την εθνική Ελλάδος
Στις 12 Φεβρουαρίου 2015 έγινε γνωστή η συμφωνία του Σέρχιο Μαρκαριάν με την Ελληνική Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία για να αναλάβει την εθνική ομάδα της Ελλάδας. Ωστόσο, το πέρασμά του από τον “γαλανόλευκο” πάγκο ήταν σύντομο, αφού στις 21 Ιουλίου του ίδιου έτους ανακοίνωσε την παραίτησή του.